使用bcftools 将vcf文件拆分成单个vcf

使用bcftools query -l test.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来

不使用软件：

head -100 all.vcf |grep “#C” |cut -f10-|xargs -n 1 > wild.txt

使用sh脚本
# 将453份数据写入变量$sample 

for sample in $(cat 453.list);

#创建每个样本的list文件

do touch list/$sample.list;

#将样本写入每个文件

#echo $sample >> list/$sample.list;

#使用bcftools提取

do bcftools view -S list/$sample.list /public/home/lianglunping/work/SV/453.vcf>/public/home/lianglunping/work/SV/453/$sample.vcf;

done

for sample in $(cat t1);

do

echo $sample >> list/$sample

bcftools view -S list/$sample 3k.vcf >test/$sample.vcf

done